颅底肿瘤除了脊索瘤外，还包括软骨瘤、颅咽管瘤、嗜酸性肉芽肿、纤维异常增殖症、巨细胞肿瘤、淋巴瘤、脑膜瘤、转移瘤、成骨细胞瘤、垂体瘤、浆细胞瘤/多发性骨髓瘤、软骨肉瘤等。
软骨瘤是由成熟透明软骨构成的良性肿瘤，通常在青少年时生长并出现症状。浆细胞瘤和多发性骨髓瘤是生长于骨骼内的恶性浆细胞肿瘤。垂体腺瘤发生于蝶鞍内，通常导致蝶鞍扩大。淋巴瘤更倾向于侵犯相邻软组织。骨纤维异常增殖症通常出现在儿童晚期或青少年期，病变部位正常的骨基质被含胶原蛋白和成纤维细胞的异常钙化组织所替代。
颅底中线部位的脑膜瘤可能起源于斜坡、蝶鞍、海绵窦、岩尖或枕骨大孔的硬脑膜，女性更常见。
嗜酸性肉芽肿通常发生在儿童期，表现为增大的颅骨软组织肿块、X线平片或CT上的无硬化边缘的溶骨性改变。嗜酸性肉芽肿很少影响到颅底，但侵犯颅底可能导致耳漏和颅神经麻痹。
骨瘤和骨母细胞瘤很少发生于颅底；骨瘤比骨母细胞瘤要小，表现为阿司匹林可以缓解的疼痛；骨母细胞瘤表现为夜间发作性疼痛。骨转移瘤较常见，常见原发于乳腺癌、肺癌和前列腺癌的转移病灶。